اعمال حاکمیت دولت در سواحل و بنادر به منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم در جهت گسترش امور تجارت دریایى و ارتباطات ساحلى و همچنین وصول حقوق و عوارض متداول،  قسمتى از وظایف سازمان بنادر و دریانوردی را تشکیل می دهد که سابقه تنظیم تاریخى آن به 12 ذیحجه سال 1229 برابر با 25 نوامبر 1814 میلادى باز می گردد.

در آن سال ها در بندر بوشهر اداره‏ اى به‏ عنوان "شعبه گمرکات جنوب" تأسیس گردید. این اداره وظیفه داشت ضمن مراقبت از سواحل ایران از ورود و صدور کالاهاى قاچاق از راه‌هاى دریایى جنوب نیز جلوگیرى نماید و در حقیقت وظایف امور بندرى و دریایى را نیز شعبه گمرکات جنوب برعهده داشت. در تاریخ ششم بهمن ماه 1306 شمسی تأسیسات و تجهیزات اداره بندرانزلی در شمال کشور از دولت روسیه تحویل و اداره امور آن به مامورین ایرانى سپرده شد و نیز راه آهن سرتاسری ایران، بندر ترکمن را از کنار دریای خزر به بندر امام خمینی(ره) در کرانه خلیج فارس متصل ساخت.

از سال 1307 پس از افتتاح راه شوسه تهران - خرمشهر، بندر خرمشهر در جنوب کشور اهمیت فراوان پیدا کرد و امر تجارت دریایى آن رونق یافت و به‏ منظور اداره امور بنادر کشور (اداره کل بنادر) در روز 15 بهمن ماه 1314 در تهران تأسیس گردید و کلیه امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در این زمان ضمن ایجاد بندر جدیدى در نوشهر نسبت به توسعه و تکمیل باراندازهاى بندر خرمشهر و همچنین ایجاد تأسیسات بندرى لازم در سایر بنادر شمال و جنوب کشور نیز اقدام گردید.

درتاریخ 24 دیماه 1317 هیأت وزیران آئین نامه بندری ایران را که از طرف وزارت راه تهیه و پیشنهاد گردیده بود تصویب و مقرر گردید در بنادری که وزارت راه نماینده ندارد اداره کل گمرک به نمایندگی از طرف وزارت مذکور مجری آئین نامه مورد بحث باشد. درچهارم شهریور ماه 1325 طبق تصویب هیات وزیران مقرر گردید که درآمد حاصل از بهره برداری بنادر جهت توسعه تأسیسات بندری در حساب مخصوصی منظور گردد.

در سال 1328 بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به جای اداره کل بنادر در وزارت راه تشکیل گردید. در تاریخ هفتم خرداد ماه 1331 آئین نامه ثبت و بهره برداری شناورها مشتمل بر 18 ماده به تصویب هیات وزیران رسید و براساس آن مقرر گردید که استفاده از شناورها در آبهای داخلی و ساحلی ایران موکول به ثبت آنها و اخذ گواهینامه مربوطه در یکی از بنادر ایران باشد.

در سال 1338 براساس توافق دو وزارت راه و گمرکات وانحصارات بنگاه کل بنادر و کشتیرانی از وزارت راه به وزارت گمرکات و انحصارات منتقل گردید.

در چهارم خرداد ماه 1339 بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و کشتیرانی تبدیل و بر مسئولیت و اختیارات آن افزوده گردید. براساس آن، اعمال حاکمیت در آبهای ساحلی و تولیت کلیه امور بندری و دریایی کشور واجرای مقررات بندری و کشتیرانی ساحلی و مراقبت در توسعه کشتیرانی و بازرگانی و وصول حقوق و عوارض بندری و ثبت شناورهای تابع کشور به عهده آن گذاشته شد. در همین سال اداره کل بندر خرمشهر که مستقلا انجام وظیفه می نمود تابع سازمان بنادر و کشتیرانی گردید. این سازمان در دهم خرداد ماه 1340 به وزارت بازرگانی منتقل و در تاریخ بیستم اسفند ماه 1341 پس از تشکیل وزارت اقتصادی تابع این وزارتخانه شد.

در 29 شهریورماه 1343 قانون دریایی ایران که در 194 ماده تنظیم گردیده بود به مورد اجرا گذارده شد و از دوازدهم تیرماه 1345 سازمان بنادر و کشتیرانی فعلی بر طبق قانون با کلیه کارکنان و بودجه و اموال از وزارت اقتصاد منتزع و تابع وزارت دارایی گردید. براساس قانون اختیارات مالی و استخدامی و تشکیل بنادر و گمرکات، ازتاریخ 19 تیرماه 1348 سازمان بنادر و کشتیرانی از شمول مقررات قانون محاسبات عمومی و قانون استخدام کشوری و آئین نامه معاملات دولتی خارج شد و برای حفاظت انبارها، کالاها، ساختمان ها و همچنین انجام اجرائیات و امور انتظامی و حفاظتی در اسکله ها و باراندازها، سازمانی به نام بنادر و گمرکات در وزارت دارایی گردید. به استناد ماده دوم قانون اختیارات آئین نامه دیگری که به تصویب کمیسیون‌های دارایی و استخدامی مجلسین رسید، از تاریخ 13 بهمن ماه 1348 سازمان شخصیت حقوقی پیدا نمود و وظایف و اختیارات، ارکان و تشکیلات آن اعلام گردید. آئین نامه های معاملات مالی در تاریخ 24 خرداد ماه 1349 و آئین نامه استخدامی سازمان بنادر و کشتیرانی در تاریخ 6 مرداد 1349 مورد تصویب شورای عالی سازمان قرار گرفت و این سازمان در سال 1353 مجددا از وزارت دارایی منتزع و به وزارت راه وترابری انتقال یافت.

به موجب مصوبه مورخ 10 اردیبهشت ماه 1387 مجلس شورای اسلامی و تایید شورای نگهبان که طی نامه شماره 79/12223 مورخ 29 اردیبهشت 1387 به مجلس شورای اسلامی واصل گردید، نام سازمان بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و دریانوردی تغییر یافت و کلیه قوانین و مقررات حاکم بر سازمان بنادر و کشتیرانی عیناً در سازمان بنادر و دریانوردی حاکم و جاری خواهد بود.

توانمندی ها: وظایف و اختیارات سازمان

• اداره امور بندری و امور دریایی بازرگانی کشور.
• ایجاد و تکمیل و توسعه ساختمان ها و تأسیسات و تعمیرگاه های بندری و دریایی بازرگانی و وسائل و تجهیزات مربوطه و بهره برداری از آنها.
• تهیه و تنظیم و اجرای مقررات بندری و دریایی و کشتیرانی بازرگانی طبق قوانین مربوطه.
• تنظیم امور مربوط به راهنمایی کشتی ها با تصویب شواری عالی سازمان.
• اداره امور تخلیه و بارگیری و حمل ونقل کالا در محوطه بنادر و انبار داری در بنادر کشور (بنادری که سازمان دارای اداره یا شعبه است).
• اداره شبکه های مخابراتی (رادیویی، تلگرافی، تلفنی، تله تایپ و غیره) در دریا و خشکی برای تماس با کشتی ها و بنادر تابعه و تهیه و تأمین وسائل مربوطه با همکاری وزارت پست و تلگراف و تلفن.
• نظارت کامل در مور کشتیرانی ساحلی و بازرگانی و مجاهدت در توسعه آنها و تأمین ایمنی عبور و مرور و انجام هر نوع اقدامی که در پیشرفت و توسعه فعالیت کشتیرانی‎های بازرگانی و ساحلی لازم است.
• اداره و برقرار نمودن علائم و وسائل روشنایی دریایی و رودخانه ای برای تأمین ایمنی عبور و مرور کشتی ها و شناورها.
• ثبت کشتی ها و شناورهای بازرگانی و تفریحی و غیره دارای تابعیت کشور و اجرای مقررات مربوطه.
• اعطای گواهینامه های صلاحیت فنی، دریایی و غیره به افراد واحدهای دریایی طبق مقررات مربوطه.
• وصول حقوق و عوارض بندری، رودخانه ای و حق تخلیه و بارگیری و باربری و انبارداری و سایر درآمدهایی که بر طبق مقررات مربوط به وسیله سازمان یا سایر سازمان‌های دولتی برای سازمان وصول می شود.
• اجرای قانون دریایی ایران و انجام وظایف مقرر در قانون راجع به اجازه تأسیس سازمان بنادر و کشتیرانی و سایر قوانین مربوط. تعیین نحوه استفاده و نرخ بهره برداری ار تأسیسات و تجهیزات بندری و اموال منقول و غیر منقول سازمان و اجرای آن پس از تصویب شواری عالی.
• تحقیق و مطالعه در امور بندری و دریایی و کشتیرانی بازرگانی.
• تهیه و تنظیم برنامه سال بعد و همچنین برنامه های دراز مدت و اجرای آنها پس از تصویب شواری عالی سازمان.
• بررسی طرح موافقت نامه ها و قراردادهای بین المللی مربوط به امور بنادر و کشتیرانی و دریانوردی بازرگانی جهت تقدیم به مراجع مربوطه.
• شرکت در کنفرانس‌ها و مجامع بین المللی مربوط به بنادر و کشتیرانی.
• تعیین منطقه آزاد درصورت لزوم وتهیه مقررات و شرایط استفاده از آن با موافقت شورای عالی سازمان و تصویب مجلس شورای اسلامی.
• در اختیار گرفتن و اداره خطوط راه آهن از سوزن ورودی تا سوزن خروجی محوطه بندر و همچنین دارا بودن واگن ها و لکودیزل‌ها و وسائل مربوط به آنها و وسائل ضروری دیگر جهت تأمین تخلیه و بارگیری برای حمل به انبارهای سرباز و سرپوشیده.
• تأسیس آموزشگاه تعلیم راهنمایان و یا کارکنان دریانوردی بازرگانی و اعزام دانشجو برای تحصیل در رشته های تخصصی به خارج از کشور با توجه به احتیاجات سازمان.
• صدور اجازه تأسیس اسکله و سایر تأسیسات و تجهیزات ضمن تصویب طرح مربوط با داشتن حق نظارت در اجرا و بهره برداری.
• صدرو اجازه تأسیس دفتر، خانه ملوانان، رستوران و انبار و سایر تأسیسات لازم به درخواست متقاضیان صلاحیت دار، سازمان می تواند با توجه به امکانات خود در بنادر، زمین برای تأسیسات مزبور از طریق اجاره واگذار نماید.
• واگذاری آن قسمت از خدمات سازمان که انجام آن از طرف بخش خصوصی به صرفه و صلاح می باشد به موسسات خصوصی واجد صلاحیت.
• اهتمام در پایین آوردن نرخ کرایه حمل کالا به بنادر ایران با تجهیزات بنادر و تسریع در امر تخلیه و بارگیری و از بین بردن مدت انتظار نوبت کشتی ها به منظور کمک به اقتصاد کشور.