بندر شهید رجائى داراى 19 باب انبار سرپوشیده و مجهز با مساحت کل 164000متر مربع مى باشد. از این تعداد 11 باب به عنوان انبار موقت کالا، یک انبار مخصوص کالاهاى خطرناک، یک انبار ویژه صادرات، یک انبار مخصوص کالاهاى ترانزیتى و یک انبار بارى سی.اف.اس در نظر گرفته شده است و ما‌بقى به صورت چند منظوره براى کالاهاى گوناگون مورد استفاده قرار مى‌گیرد همچنین 9 باب انبار جدید در دست احداث مى‌باشد.

محوطه‌ها
سطح کل باراندازها، محوطه و راه‌هاى داخلى بندر 140، 8000 متر مربع است و داراى پیشرفته‌ترین سیستم‌هاى حفاظتی، برقى و تأسیساتى است. حدود 100000 متر مربع محوطه و بارانداز نیز در دست احداث مى‌باشد.

پایانه شماره 1 کالا
این پایانه داراى 4 انبار مسقف به مساحت 36000 متر مربع و باراندازهاى وسیع است. تنوع کالاهاى قابل تخلیه در این پایانه سبب شده است تا وسیع‌ترین حجم عملیات در آن انجام گیرد. محوطه این پایانه به دو بخش تقسیم شده است. محوطه کالاهاى عمومى و محوطه نگهدارى لوازم و قطعات منفصله سنگین مراکز صنعتی.

پایانه شماره 2 کالا
پایانه شماه 2 داراى 3 انبار مسقف به مساحت 27000 متر مربع و 3 بارانداز است. تخلیه کالاى متفرقه و کالاى کنفى مواد پلاستیکى و چاى از تخصص‌هاى جارى این پایانه مى‌باشد و ویژگى آن تسریع در عملیات تخلیه اینگونه کالاها است.

پایانه شماره 3 کالا
این پایانه با 2 انبار سرپوشیده به مساحت 18000 متر مربع روبه روى دهانه ورودى موج‌شکن واقع شده است. محوطه کالاى ویژه پایانه شماره 3 از نظر زیرسازى و بنیان اختصاص به محموله‌هاى سنگین و قطعات بزرگ صنعتى دارد. محوطه دیگرى در این پایانه براى مواد و محصولات فلزى و دو محوطه بزرگ براى نگهدارى انواع خودروهاى سبک و سنگین در نظر گرفته شده است. انشعاب دو خط راه آهن که از کنار دو اسکله به محوطه این پایانه متصل مى‌شود قابلیت جابه‌جایى محموله‌هاى سنگین و انواع کالا را در پایانه شماره 3 چندین برابر ساخته است.

پایانه شماره 4 کالا
پایانه شماره 4 داراى 3 انبار مسقف به مساحت 27000 متر مربع و 3 بارانداز است. این پایانه عموماً به کالاى متفرقه، لوازم مختلف به صورت صندوق و وسایل تجارى و وارداتى اختصاص یافته است.

پایانه کالاى خطرناک
داراى یک انبار مسقف به مساحت 9000 متر مربع و 3 محوطه بارانداز است. این پایانه عموماً به کالاهاى خطرناک وارداتى و صادراتى اختصاص دارد.

پایانه ترانزیت
با توجه به اهمیت و رونق روزافزون ترانزیت کالا به کشورهاى آسیاى میانه، خصوصاً پس از اتصال مجتمع بندرى شهید رجائى به شبکه بین‌المللى راه آهن، پایانه ویژه‌اى به این امر اختصاص یافته است. این پایانه داراى یک انبار مسقف به مساحت 9000 متر مربع و باراندازهاى وسیع مى‌باشد.

پایانه صادرات
این پایانه داراى یک انبار مسقف به مساحت 9000 متر مربع و 3 محوطه بارانداز روباز است. این پایانه به صادرات کالاهاى غیرنفتى مانند انواع شمش و محصولات فلزی، مصالح ساختمانی، مواد و محصولات پلاستیکی، محصولات غذائی، خشکبار و کالاهاى عمومى دیگر مثل انواع فرش، صنایع دستی، پنبه، الیاف، لاستیک خودرو و امثال اینها اختصاص یافته است و به علت رونق صادرات کالاهاى غیرنفتى یکى از فعال‌ترین پایانه‌ها است.

اسکله‌هاى ویژه

  • اسکله‌هاى ویژه 1و 2 مخصوص تخلیه و بارگیرى مواد نفتى است.
  • اسکله‌هاى 3 و 24 به تخلیه مواد خام روغن نباتى اختصاص داده شده است. روغن مایع خام با استفاده از خط لوله به مخازن روغن موجود در محوطه بندر پمپاژ مى‌شود. به لحاظ موقعیت مناسب این اسکله‌ها، در صورت نبودن کشتى‌هاى روغنی، براى تخلیه و بارگیرى کالاهاى دیگر به صورت چندمنظوره مورد استفاده قرار مى‌گیرد.
  • اسکله 8 مجهز به رمپ مى‌باشد و مختص کشتى‌هاى حمل مسافر و خودرو (رو - رو) است.

پایانه کانتینر
پایانه کانتینر با 5 اسکله به طول 1000 متر و 420000 متر مربع در سال 1364 مورد بهره‌بردارى قرار گرفته است و اینک با ظرفیت اسمى نگهدارى 22500 تی.ای.یو کانتینر مهم‌ترین پایانه بندر محسوب مى‌شود.

فعالیت پایانه
با توجه به اهمیت و گسترش روزافزون حمل‌و‌نقل کانتینرى در جهان، بندر شهید رجائى نیز برنامه‌هاى خود را در جهت توسعه فعالیت‌هاى پایانه کانتینر متمرکز کرده است.

براساس آمارهاى موجود، از زمان بهره‌بردارى این پایانه تاکنون، گردش کانتینر در این بندر، سال به سال از رشد چمشگیرى برخوردار بوده است و به لحاظ سرمایه‌گذارى مناسب و ارائه خدمات سریع و مطلوب، در شرایط فعلى بیش از 95% از کانتینرهاى وارده و صادره کشور، از این پایانه عبور مى‌نماید و بدین ترتیب مهم‌ترین و فعال‌ترین پایانه کانتینرى کشور محسوب مى‌شود. از ویژگی‌هاى این پایانه اتصال به شبکه راه آهن و امکان تخلیه و بارگیرى مستقیم به قطار مى‌باشد.

تجهیزات
این پایانه که مجهز به سیستم رایانه‌اى است در حال حاضر براى انجام فعالیت تخلیه و بارگیرى و صفافى کانتینر، داراى 4 دستگاه گنترى کرین، 10 دستگاه ترانس تینر، 7 دستگاه ریچ استاکر، 6 دستگاه تاپ لیفت، انواع جرثقیل، کامیون به تعداد قابل توجهى مى‌باشد.

تعمیرگاه تجهیزات
پایانه کانتینر داراى تعمیرگاهى مجهز و کارکنانى کارآزموده براى سرویس، تعمیر و نگهدارى تجهیزات مى‌باشد که توسعه آن از نظر کمى و کیفى مدنظر قرار دارد.

انبار سی.اف.اس C.F.S
این پایانه داراى یک انبار سرپوشیده به مساحت 9000 متر مربع براى تخلیه و بارگیرى کانتینرهاى مشترک است. در این انبار، کانتینرهاى حاوى محموله مشترک، براساس برنامه از پیش تعیین شده تخلیه و محتویات آن که مربوط به چند کالا است در انبار تفکیک و تا زمان ترخیص نگهدارى مى‌شود.

محوطه کانتینرهاى یخچالى
براى نگهدارى کانتینرهاى یخچالى (از 20 تا 420 وات) محوطه اى با ظرفیت 120 کانتینر پیش‌بینى شده است. با توجه به توسعه چشمگیر حمل‌و‌نقل کانتینرى این محوطه نیز در حال گسترش است.

برج تخلیه غلات
براى تخلیه سریع و به موقع غلات (گندم، جو، ذرت) پنج دستگاه برج مکنده که چهار دستگاه آن ریلى و یک دستگاه آن سیار مى‌باشد، خریدارى و در بندر نصب شده است. بهره‌بردارى از این دستگاه‌ها باعث چند برابر شدن توان تخلیه غلات، سرعت چشمگیر بارگیرى به کامیون و قطار، تقلیل زمان تلف شده، جلوگیرى از ریزش و ضایع شدن غلات و نیز کاهش هزینه‌هاى ناشى از توقف کامیون‌ها، واگن‌ها، کشتى‌هاى حامل غلات شده است. توان کارى هر یک از این دستگاه‌ها 280 تن در ساعت مى‌باشد.