مرجع رسیدگی به اختلافات گمرکی در تشخیص تعرفه، ارزش کالا، جریمه ها به غیراز موارد قاچاق گمرکی، قوه قهریه ( فورس ماژور) و مقررات گمرکی، کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی است. این کمیسیون مرکب از اشخاص ذیل است:

• چهار نفر عضو اصلی از کارمندان گمرک ایران
• دو نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت صنعت، معدن و تجارت
• یک نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی
• یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران
• یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق تعاون

اعضای کمیسیون، از میان افراد مطلع به امور گمرکی توسط دستگاه های مزبور انتخاب می شوند.اعضای کمیسیون هم طراز مدیرکل تلقی می شوند و باید حداقل دارای پانزده سال سابقه کاری مرتبط باشند و توسط رییس گمرک ایران، وزرای مربوطه و رؤسا اتاق های مذکور انتخاب شوند.به همراه هریک از اعضاء اصلی یک نفر نیز به عنوان عضو علی البدل معرفی می شود.

رأی کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی لازم الاجراء است مگر در مواردی که مبلغ مابه التفاوت بین نظر گمرک و مورد قبول مؤدی و یا ارزش گمرکی کالایی که اختلاف درخصوص شرایط ورود و صدور آن است، بیش از پنجاه میلیون ( 50.000.000) ریال باشد که در این صورت مؤدی می تواند ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی تقاضای ارجاع امر به کمیسیون تجدید نظر را بنماید.

اختلافات اشخاص با گمرک ها به درخواست مؤدی ابتدا در واحدهای ستادی گمرک ایران مورد اظهارنظر قرار می گیرد و درصورتی که مؤدی به اعتراض خود باقی باشد پرونده از طرف رئیس کل گمرک ایران و یا شخصی که به حکم وی به طور کتبی تعیین می گردد به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی احاله می شود. برای طرح اختلاف در کمیسیون مذکور صاحب کالا باید معادل نیم درصد (5 / 0%) مبلغ مورد اختلاف را به عنوان حق رسیدگی به صورت سپرده پرداخت نماید.

درصورتی که رأی صادره به وسیله کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی در تأیید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می گردد لکن درصورتی که رأی به نفع صاحب کالا باشد یا اینکه با درخواست صاحب کالا اختلاف به کمیسیون تجدیدنظر احاله شود و رأی کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد، مبلغ سپرده مسترد می گردد. اختلافات مربوط به قاچاق گمرکی در مراجع صالحه رسیدگی می شود.

کمیسیون در مورد استعلام تعرفه و اظهارنظر در مورد طرح ها و گزارش هایی که از طرف رئیس کل گمرک ارجاع می شود نظر مشورتی می دهد. در مواردی که در اجرای ماده (43) این قانون تعیین تعرفه شود برای گمرک لازم الاجراء است.در مواردی که در حین رسیدگی به پرونده ها، کمیسیون با مواردی غیر از موضوع اختلاف مواجه گردد، مراتب به رئیس کل گمرک ایران منعکس می شود.

جلسات کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی حداقل با حضور شش نفر از اعضاء رسمیت می یابد و مصوبات آن با رأی اکثریت کل اعضاء ( حداقل پنج نفر) معتبر است.دلایل، توجیهات و مستندات رأی باید در متن آن تصریح گردیده و نظرات اقلیت در آن ذکر گردد.از بین اعضاء اصلی کمیسیون رسیدگی به اختلافات یک نفر رئیس و یک نفر نایب رئیس در اولین جلسه کمیسیون با رأی مخفی انتخاب و با حکم رئیس کل گمرک منصوب می شوند.ماده 146 کمیسیون تجدید نظر اختلافات گمرکی مرکب از اشخاص ذیل است:

• یک نفر از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی به انتخاب وزیر ( رئیس)
• یک نفر از معاونین گمرک ایران به انتخاب رئیس کل گمرک ایران ( نایب رئیس)
• یک نفر از کارمندان وزارت صنعت، معدن و تجارت به انتخاب وزیر
• یک نفر از قضات به انتخاب رئیس قوه قضائیه
• یک نفر از اعضا هیئت رئیسه اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران با معرفی رئیس اتاق یا یک نفر از اعضا هیئت رئیسه اتاق تعاون به انتخاب رئیس اتاق در مورد پرونده تعاونی ها

به همراه هر یک از اعضاء اصلی یک نفر نیز به عنوان علی البدل معرفی می شود. اعضاء کمیسیون باید حداقل دارای بیست سال سابقه کاری مرتبط باشند.برای طرح اختلاف در کمیسیون تجدید نظر صاحب کالا باید معادل یک درصد (1 %) مبلغ مورد اختلاف را به عنوان حق رسیدگی به صورت سپرده پرداخت نماید. در صورتی که رأی صادره به وسیله کمیسیون مذکور در تأیید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می شود لکن درصورتی که رأی کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد مبلغ سپرده مسترد می گردد.

کسانی که به عنوان عضو کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی، در مورد پروندهای رأی داده باشند حق شرکت در کمیسیون تجدیدنظر و رأی دادن درباره همان پرونده را ندارند.آراء صادره به وسیله کمیسیون تجدیدنظر قطعی و لازم الاجراء است و فقط تا مدت سی روز از تاریخ ابلاغ رأی از نظر شکلی قابل شکایت در دیوان عدالت اداری می باشد.

اعضاء کمیسیون ها به موجب احکام رسمی اداری برای مدت دو سال انتخاب می شوند و به جز در صورت بازنشستگی، استعفاء، حجر، محکومیت اداری یا کیفری، انتقال به سازمان های دیگر و غیبت غیرموجه بیش از سه جلسه متوالی، در مدت مذکور قابل تغییر نمی باشند.تبصره عضویت در کمیسیون ها فقط برای یک دوره دوساله دیگر قابل تمدید است.

در مواردی که تعداد پرونده های ارجاعی به کمیسیون ایجاب نماید، رئیس کل گمرک ایران می تواند از وزیران و مراجع مذکور در مواد(144) و (146) تقاضا نماید که اعضاء بیشتری را برای تشکیل کمیسیون های جدید رسیدگی به اختلافات گمرکی و تجدیدنظر برای مدت معین معرفی نمایند. در این صورت سایر دستگاه ها نیز مکلفند نسبت به معرفی اعضای مورد درخواست با رعایت شرایط مقرر در این قانون اقدام نمایند.

آراء کمیسیون ها در مورد پرونده های مشابه قابل تعمیم نیست ولی واحدهای ستادی گمرک ایران می توانند به آخرین آراء قطعی کمیسیون ها که آراء کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی و تجدید نظر منطبق بر هم باشد در موارد مشابه و وحدت موضوع، مشروط بر آنکه این گونه آراء مورد پذیرش صاحب کالا نیز قرارگیرد استناد نمایند.