عبور داخلی، رویه گمرکی است که براساس آن کالای گمرک نشده از یک گمرک مجاز به گمرک مجاز دیگر و یا سایر اماکن تحت نظارت گمرک منتقل می گردد تا تشریفات قطعی گمرکی آن در مقصد انجام شود. حسب آنکه عبور داخلی کالا بنابر درخواست متقاضی یا تصمیم گمرک باشد به ترتیب عبور داخلی شخصی و یا عبور داخلی اداری نامیده می شود.شرایط، تشریفات اظهار و ارزیابی، میزان تضمین و اسناد لازم در حدود مقررات این قانون در آیین نامه اجرائی تعیین می شود.

گمرک می تواند در صورت تراکم در انبارهای گمرکی، با صدور حکم (دستور اداری)، بارگُنج های مهر و موم و پلمب شده را تحت عنوان عبور داخلی اداری به انبارهای گمرکی دیگر منتقل نماید. مسئولیت کسری، آسیب دیدگی و فقدان کالا به جز در موارد قوه قهریه ( فورس ماژور) در حین عبور داخلی اداری با گمرک است.

هزینه های حمل و انجام خدمات مربوط به عبور داخلی اداری در غیر موارد قوه قهریه (فورس ماژور) برعهده گمرک است و از صاحب کالا دریافت نمی شود. مرجع تحویل گیرنده مکلف است کالای موضوع عبور داخلی را در مقابل خطرات ناشی از تصادف و آتش سوزی بیمه نماید و حق بیمه مربوطه را به هنگام ترخیص از صاحب کالا وصول کند.

عبور داخلی شخصی کالا منوط به قبول درخواست از طرف گمرک مبدأ عبور است. مسئولیت کسری، آسیب دیدگی و فقدان کالا در حین عبور داخلی شخصی با اظهارکننده است.گمرک مکلف است برای کالایی که در اسناد حمل آن محل تحویل یکی از شهرهای داخلی ذکر شده است به شرط اینکه در شهر مزبور گمرک مجاز و مناسب وجود داشته باشد به تقاضای شرکت حمل و نقل و با انجام تشریفات مربوطه، پروانه عبور داخلی به صورت حمل یکسره صادر نماید.

به منظور بهره برداری از ظرفیت های خالی گمرک ها و مناطق ویژه اقتصادی و کاهش رسوب کالا در مبادی ورودی، گمرک حسب درخواست سازمان مسئول منطقه مکلف است با عبور کالاها به گمرک ها و مناطق ویژه موافقت نماید. بدیهی است منطقه مربوطه هزینه های انتقال را در ابتدا متقبل می شود تا در صورت مراجعه صاحب کالا از وی وصول نماید. مسئولیت حفظ و نگهداری کالا برعهده عبوردهنده و مرجع تحویل گیرنده ذیربط است.

هرگاه در گمرک مبدأ عبور داخلی، نسبت به اظهار، کسری مشاهده شود صورتمجلس تنظیم و اظهارنامه و پروانه عبوری بر این اساس اصلاح و کالا عبور داده می شود. درصورتی که در گمرک مبدأ در نتیجه ارزیابی کالای عبور داخلی نسبت به اظهار شرکت حمل و نقل یا صاحب کالا، کالای اضافی همنوع مازاد بر پنج درصد (5%) یا کالای اضافی غیرهمنوع مشاهده شود به ترتیب مشمول تبصره (2) ماده (108) این قانون و مقررات قاچاق گمرکی می گردد.

هرگاه کالای عبور داخلی به طور کلی یا جزئی در مهلت مقرر به گمرک مقصد واصل نشود جز در موارد قوه قهریه ( فورس ماژور)، مشمول مقررات قاچاق می گردد.در موارد خاص از قبیل معاذیری مانند بیماری و تصادف و پیشامدهای ناگوار که در آیین نامه اجرائی به تصویب هیئت وزیران می رسد، گمرک می تواند با اخذ جریمه انتظامی موضوع ماده (109) این قانون به صدور اجازه تحویل کالا به مرجع تحویل گیرنده اقدام نماید، مشروط بر اینکه حداکثر تا پنج روز با نظر گمرک از مهلت اعتبار پروانه عبور داخلی به گمرک مقصد، تحویل شود.

در مواردی که کالای عبور داخلی با کسری، تحویل گمرک مقصد گردد، در صورت سالم بودن مهر و موم و پلمب و محفظه حمل بار و عدم دخل و تصرف مشمول مقررات کسر تخلیه می شود. کالای عبوری درصورت دخل و تصرف در مهر و موم و پلمب و مشاهده کسری، مشمول قاچاق گمرکی است. درصورتی که کسری و فک مهر و موم و پلمب، ناشی از قوه قهریه ( فورس ماژور) باشد تضمین و تعهد، ابطال می شود.