منظور از انبارهای گمرکی اعم از انبار مسقف، غیرمسقف و محوطه، اماکنی است که برای نگهداری کالاهای ورودی و صدوری تأسیس و توسط مراجع تحویل گیرنده کالا اداره می شود. هر جا ضرورت های تجاری ایجاب نماید گمرک اجازه تأسیس این انبارها را صادر و ترتیبات کنترل های گمرکی را تعیین می نماید. مراجع تحویل گیرنده کالا ملزمند مفاد این قانون را رعایت نمایند.

مراجع تحویل گیرنده که کالای گمرک نشده را با موافقت گمرک نگهداری می نمایند می توانند به توسعه تأسیسات و انبارهای مورد نیاز در محدوده دارای مجوز اقدام نمایند.مدت مجاز نگهداری کالا در انبارهای گمرکی از تاریخ تحویل کالا به این اماکن سه ماه است. در صورت تقاضای کتبی صاحبان کالا یا شرکت های حمل و نقل در مورد کالای عبوری و وجود علل موجه به تشخیص گمرک و با پرداخت هزینه انبارداری تا تاریخ موافقت گمرک این مدت حداکثر تا دو ماه دیگر قابل تمدید است.

درصورتی که ظرف مهلت مقرر صاحب کالا برای انجام تشریفات گمرکی و پرداخت وجوه متعلقه اقدام ننماید کالا مشمول مقررات متروکه می شود. چنانچه کالا به انبارهای گمرکی متعدد منتقل و نگهداری شود مدت توقف از زمان ورود کالا به اولین انبار گمرکی محاسبه می شود. مهلت توقف مرسولات پستی غیرتجاری تابع مقررات پست است.

درصورتی که امکانات لازم برای نگهداری کالای فاسد شدنی و کالایی که نگهداری آن هزینه اضافی ایجاد می کند، در انبارهای گمرکی موجود نباشد، باید بلافاصله پس از تخلیه و تحویل، ترخیص و یا با مسؤولیت صاحب کالا و نظارت گمرک به انبار مناسب منتقل شود. در غیر این صورت، مرجع تحویل گیرنده هیچ گونه مسئولیتی در قبال ضایع یا فاسد شدن آن ها ندارد و گمرک بلافاصله مقررات متروکه را در مورد آن کالا اعمال می نماید.

چنانچه ظرف یک ماه کالاهایی که برای آن سند ترخیص یا فروش صادر گردیده است از انبارها خارج نشود مشمول مقررات متروکه می شود. این مهلت با اعلام موافقت مرجع تحویل گیرنده و گمرک قابل تمدید است.تا زمانی که کالا به انتظار اعلام نظر قطعی گمرک در انبارهای گمرکی متوقف گردد، کالا متروکه نمی شود.

تعیین مهلت توقف کالا در مناطق آزاد و مناطق ویژه اقتصادی بر اساس ضوابط قانونی مناطق مذکور در اختیار سازمان های مسئول این مناطق است. کالاهایی که در این مناطق پس از انقضای مهلت های اعطایی توسط سازمان های مذکور مهلت منقضی، اعلام می شوند نیز مشمول مقررات کالای متروکه می گردند.