علاوه بر سازمان گمرک ایران، 22سازمان مجوزدهنده دیگر در امر صادرات، واردات و ترانزیت برای صدور مجوز دخیل هستند. بر این اساس، «وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی» (سازمان غذا و دارو)، به عنوان یکی از سازمان های دخیل در ارائه صدور مجوز، برای 2هزار و 50 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کند که بیشترین حجم صدور مجوز را در بین سازمان های مجوز دهنده دارد.

همچنین تعداد یک هزار و 766، قلم ردیف تعرفه باید از «سازمان ملی استاندارد ایران» مجوز خود را دریافت کنند که دومین سازمانی است که بیشترین تعداد مجوز را صادر می کند. «قرنطینه نباتی »(سازمان حفظ نباتات)، هم باید برای 830 قلم ردیف تعرفه، مجوز صادر کند که رتبه سوم را در بین سازمان های مجوز دهنده، دارا است.براساس آمارها، دیگر سازمان دخیل در امر صدور مجوز، «وزارت امور خارجه» (اقلام تحت کنترل کنوانسیون منع استفاده سلاح های شیمیایی) است که برای 585 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کند. همچنین برای 545 قلم ردیف تعرفه، سازمان دخیل در ارائه صدور مجوز، «وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح » است.

«سازمان قرنطینه دامی» (سازمان دامپزشکی کشور) هم برای 426 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کند. «کنوانسیون بازل» (سازمان حفاظت محیط زیست) از دیگر سازمان های درگیر در صدور مجوز است که برای 356 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کند. «وزارت جهاد کشاورزی» به عنوان دیگر دستگاه های فعال در امر مجوزدهی برای صادرات و واردات است که برای 321 قلم ردیف تعرفه، مجوز صادر می کند. «سازمان حفاظت محیط زیست» هم برای 273 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کند.

تجهیزات پزشکی (اداره کل تجهیزات پزشکی وزارت بهداشت) نیز در بخش تجارت کشور به صدور مجوز می پردازد که صدور مجوز برای 174 قلم ردیف تعرفه را بر عهده دارد. از سوی دیگر، «سازمان امور پزشکی» برای 110، «وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی» برای 67، «بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران» برای 64، «سازمان انرژی اتمی ایران» برای 54، وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات هم برای 51 قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کنند.

«وزارت صنعت، معدن و تجارت» به جز مجوز ثبت سفارش، دیگر سازمان دخیل در امر صدور مجوز است که برای 23 قلم ردیف تعرفه اقدام به صدور مجوز می کند. از دیگر سازمان هایی که در بخش صادرات و ترانزیت اقدام به صدور مجوز می کند می توان به «مرکز نظارت بر دخانیات» هم اشاره کرد که برای 11 قلم کالایی اقدام به صدور مجوز می کند. همچنین «سازمان هواپیمایی کشور» از دیگر سازمان های دخیل در امر صادرات و واردات به شمار می رود که تنها برای 8 قلم ردیف تعرفه اقدام به صدور مجوز می کند.

مطابق آمار ارائه شده از سوی گمرک، «کانون پرورش فکری کودکان و نوجوانان» از دیگر سازمان هایی است که برای 7 قلم ردیف کالایی مجوز صادر می کند. در نهایت «وزارت امور اقتصادی و دارایی»، «وزارت نفت » و «سازمان میراث فرهنگی» در زمره سازمان هایی قرار دارند که کمترین مجوز را صادر می کنند به طوری که به ترتیب هر کدام تنها برای «5، 4 و یک» قلم ردیف تعرفه مجوز صادر می کنند.

آمار بالای سازمان مجوز دهنده برای امر صادرات، واردات و ترانزیت به حدی است که صدای بسیاری از تجار و فعالان اقتصادی را درآورده است؛ چراکه تعدد سازمان های صدور مجوز در امر تجارت می تواند تجار کشور را درگیر و کند شدن روند تجارت کشور را در پی داشته باشد. از سوی دیگر، تعدد سازمان های مجوزدهنده از یکسو و تورم مقررات و قوانین کشور از سوی دیگر به عنوان مهم ترین موانع بهبود محیط کسب وکار در کشور به شمار می روند.