در زمانی که قرار است ورود کالا و محموله از طریق سیستم بانکی انجام شود، باید روش پرداختی آن نیز مشخص شود. در گذشته زمانی که کشور در تحریم نبود. بیشتر از LC اعتبارات اسنادی استفاده می شد، اعتبارات اسنادی تعهدی از بانک است که به خریدار و فروشنده داده می شود. بدین صورت که هرگاه خریدار قادر به پرداخت مبلغ خرید نباشد، بانک موظف می شود باقیمانده یا کل مبلغ خریدار و پرداخت کند.

بانک همچنین به نیابت از خریدار، نگهدارنده اعتبارات اسنادی است و تا زمانی که تاییدیه بگیرد کالاهای خریداری شده حمل شده اند، وجه را پرداخت نخواهد کرد. در این روش چون تعهد بر روی بانک است، بانک را ملزم می کند که مالکیت کالای خریداری شده را از آن خود بداند. تا زمانی که بانک با مشتری تسویه حساب انجام دهد و انتقال مالکیت با ظهرنویسی بارنامه انجام شود، پرداختی ها به صورت حواله و یا برات بدون تعهد صورت می پذیرد.

از زمانی راه اندازی سیستم ثبتارش و سامانه جامع تجارت، گمرک نیز به این سیستم ها متصل شد. از همین رو در این فرایند بانک موظف می شود صرف نظر از تامین مالی قرارداد اسناد را چک کند. زمانی که در سیستم ثبتارش به عنوان اظهارکننده هر اطلاعاتی در مورد کالا ثبت شود، اطلاعات ثبت شده در سیستم بانکی هم می نشیند. زیرا بانک در این مرحله باید تخصیص و تامین ارز انجام دهد و کد رهگیری برای ترخیص کالا از گمرک، به اظهارکننده بدهد، و همچنین باید تمامی اطلاعات و اسناد را بررسی کند.

اسنادی که بانک چک می کند شامل پروفورما اینویس-پکینگ لیست-ثبت سفارش و مطابقت دادن تمامی این اسناد با اسناد حمل است.بانک هیچ گونه دخل و تصرفی در اطلاعات ثبت شده توسط صاحب کالا و اظهارکننده ندارد و فقط اطلاعات و اسناد را چک می کند. دخل و تصرف و قابلیت اجازه اصلاح اسناد فقط توسط گمرک امکان پذیر است.

اگر بانک در بررسی و محاسبات از روی اسناد و اطلاعات ثبت شده متوجه شود، به میزانی که ارز از کشور خارج شده یا کوتاژ صادراتی بابت آن باطل کرده است محموله و کالا وارد نشده، اعلام کسر تخلیه می کند. زیرا بانک به عنوان نماینده دولت باید آگاه باشد که ارز تامین شده چگونه تامین شده است و چه میزان کالا به ازای آن وارد گردیده است.

زمانی که کسر تخلیه از سمت بانک به گمرک واگذار می شود به هر دلیلی که باشد اگر اظهار کننده بتواند از گمرک مشکل را برطرف سازد و جواز ثبت بگیرد و همچنین در سامانه اجازه رفع تعهد به کاربر داده شود، در نتیجه بانک هم رفع تعهد اعلام می کند. اما اگر نظر گمرک بر روی کسر تخلیه باشد صاحب کالا باید رفع تعهد انجام دهد و به میزان آن به بانک پول پرداخت کند.

نکته: زمانی هست که در صورت اعلام کسرتخلیه صاحب کالا این ادعا را دارد که زمان اظهار کالا اطلاعات را به اشتباه و نادرست وارد کرده است. در این شرایط بانک می تواند با گمرک مکاتبه کرده و موضوع را مطرح و درخواست رسیدگی کند.

نکته: در مورد کوتاژ صادراتی باطل شده، هر میزان کوتاژ صادراتی که باطل شده است، باید به همان میزان کالا وارد شود. در واقع به ازای واردات کمتر و بیشتر از آن میزان، واردکننده باید به بانک پول پرداخت کند. زیرا تعهد صادرکننده با واگذاری کوتاژ صادراتی به واردکننده سلب شده و تعهد ارزی که به کشور باید برگردد بر عهده واردکننده خواهد بود.