امروزه گمرک الکترونیک در تجارت بین‌المللی نقش مهمی دارد، در واقع به میزانی که مراحل مربوط به تشریفات گمرکی ساده‌تر و سریع‌تر انجام شود، صادرات و واردات کشور روان‌تر شده و در نتیجه به سرعت افزایش می‌یابد و این امر موجب سهولت کار فعالان در حوزه تجارت خواهد شد. همچنین، با مستند شدن اقدامات گمرکی به صورت الکترونیکی، نظارت بر امور گمرکی دقیق‌تر و شفاف‌تر می‌شود. گسترش و توسعه گمرک الکترونیک به داشتن یک برنامه‌ریزی قوی برای آینده کمک زیادی خواهد کرد به نحوی که در آینده شاهد مکانیزه شدن تمامی امور گمرکی خواهیم بود.

گمرک الکترونیک به معنای کنترل تمامی امور و فعالیت‌های مربوط به گمرک همچون صدور اسناد ترخیص کالا، ثبت سوابق و برنامه‌ریزی بر اساس داده‌های دقیق موجود، با استفاده از یک سیستم الکترونیکی است. در بسیاری از کشورهای جهان استفاده از یک سیستم گمرک الکترونیکی برای توسعه تجارت الکترونیک خیلی وقت است که آغاز شده است.

به عنوان مثال کشور ژاپن یکی از پیشتازان این عرصه بوده و گمرک الکترونیک آن مبتنی بر یک سیستم تک پنجره‌ای یا تک ایستگاهی است که به دو بخش هوایی و دریایی تقسیم می‌شود. در ابتدا قسمت هوایی شامل 10 فرودگاه و 241 کاربر خصوصی می‌شد اما در حال حاضر در حدود 95 درصد از اظهارنامه‌های صادراتی و وارداتی این کشور از طریق این سیستم صورت می‌گیرد. همچنین در قسمت دریایی این سیستم که از سال 1991 افتتاح شد 120 بندر و 958 کاربر خصوصی وجود دارد که شامل 96 درصد از اظهارنامه‌ها و فعالیت‌های تجاری می‌شود. بنابراین تجربه 30 ساله ژاپن نشان‌دهنده یک نظام کنترلی در گمرک است. نکته اصلی در راه اندازی یک سیستم گمرک الکترونیکی بهینه توجه کردن به دیدگاه و نظرات بازرگانان فعال در این حوزه است که این کار اهمیت زیادی در به حداقل رساندن هزینه‌های ملی خواهد داشت.

با توجه به معایبی که در اسناد کاغذی وجود دارد، بنابراین اسناد الکترونیکی می‌تواند جایگزین مناسبی برای آن‌ها باشد. اداره کردن گمرک با روش‌های قدیمی معایب و مشکلاتی را به همراه دارد که با راه‌اندازی یک سیستم الکترونیکی و اداره کردن آن تمامی این مشکلات مرتفع خواهد شد. از جمله مشکلاتی که در روند اداره سنتی گمرک وجود دارد می‌توان به تاخیر کالا در مرزها به دلیل رویه سنتی ترخیص کالا، کاغذبازی زیاد، نبود شفافیت لازم، بررسی چندین باره اسناد و مدارک و اتلاف وقت اشاره کرد که با الکترونیکی شدن گمرک مراحل مربوط به ترخیص کالا به سرعت انجام خواهد شد. همچنین زمان صدور گواهی نامه ها و مجوزها و ترخیص‌ها کاهش موثری داشته است و ترخیص سریع کالا منجر به رقابت تجاری سریع در بازار جهانی می‌شود.

از مزیت‌های دیگر گمرک الکترونیک که قبلا نیز توسط مدیر کل گمرکات استان کرمان مطرح شده بود می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

1. افزایش شفافیت در امور گمرکی و شناسایی محموله های غیرقانونی یا متصدی حمل و نقل مشکوک.
2. جلوگیری از جعل فیش حقوق ورودی و افزایش چشم‌گیر سلامت اداری گمرک.
3. عدم نیاز صاحبان کالا به حضور در گمرک و امکان انجام کار از طریق اینترنت.
4. امکان ارتباط با سازمان هایی که به بحث تجارت مربوط می شوند.
5. امکان اندازه گیری دقیق زمان انجام کار.
6. امکان ارائه به روز آمار واردات و صادرات و کاهش زمان ترخیص کالا از 26 روز در گذشته به 3 روز در حال حاضر به طور میانگین.
7. در دسترس قرار دادن آخرین تحولات در حوزه قوانین و رویه های گمرکی به صورت آنی.
8. افزایش کیفیت اطلاعات.
9. انجام تحلیل های دقیق در امور تجاری و جلوگیری از اعمال سلیقه در مسائل گمرکی.

اما باید به این نکته نیز توجه کرد که تنها الکترونیکی شدن فعالیت‌های سنتی گمرک به افزایش کارایی آن کمک نخواهد کرد، بلکه ضروری است اداره سنتی و دستی امورات گمرکی در ابتدا مورد بررسی و بازنگری قرار بگیرد تا به مدلی ساده‌تر و صحیح‌تر تغییر یابد و سپس این مدل به صورت الکترونیکی در اختیار فعالان این حوزه قرار بگیرد.

در این رابطه کنوانسیون بین‌المللی کیوتو، از سوی سازمان جهانی گمرک قوانین مربوطه را در سطح بین‌المللی مورد بازنگری و تجدیدنظر قرار داده است و ایران نیز از سال 1389 به موجب قانون الحاق دولت جمهوری اسلامی ایران به کنوانسیون تجدیدنظر شده کیوتو در مورد ساده سازی و هماهنگ سازی تشریفات گمرکی همراه با بسیاری از کشور‌های دیگر به این کنوانسیون ملحق شده است.