کنترل فیزیکی و شمارش کالا
پس از تعیین ارزیاب اظهارنامه به وی داده می شود و مرحله اصلی کنترل های گمرکی آغاز می گردد.

ارزیابی کالای اظهاری به گمرک از مشخصات ظاهری بسته ها شروع می شود و با مندرجات اظهارنامه تطبیق داده می شود. هر گونه اشتباه در ظهر اظهارنامه تخلف محسوب می شود. برای تحقق صحت مندرجات اظهارنامه باید چند بسته از محموله باز شود و تعرفه بندی و حقوق گمرکی و سود بازرگانی و هزینه های گمرکی و عوارض گمرکی به تفصیل رسیدگی می شود.

در صورتی که نیاز به کسب مجوز از جمله مجوز استاندارد، مجوز انرژی اتمی، مجوز بهداشت، .. باشد کپی اسناد به همراه نمونه برای اخذ مجوزهای لازم ارسال می گردد و در صورتی که کالا مشمول مجوز استاندارد اجباری باشد باید قبل از ترخیص مجوز استاندارد اجباری را اخذ نمود.

کنترل اسناد
در مرحله اظهار یک بار اسناد توسط کارشناس فنی مورد بررسی و کنترل قرار می گیرد، در این مرحله کارشناس مسیر دوباره اسناد را بررسی می کند.

پرداخت و صدور سند ترخیص
بعد از انجام کنترل‌های گمرکی در مرحله ارزیابی، ترخیص کار به رئیس سرویس مراجعه می‌نماید و تعرفه و حقوق ورودی را کنترل می‌نماید و رئیس سرویس ارزیابی شماره ارزیابی به اظهارنامه اختصاص می‌دهد سپس ترخیص کار جهت صدور سند ترخیص مبالغ را می پردازد و پروانه گمرکی را دریافت می‌کند. پس از اخذ پروانه گمرکی ترخیص کار به رئیس سرویس ارزیابی مراجعه می‌نماید و او پروانه گمرکی را مهر برجسته می‌زند. کنترل های گمرکی در این مرحله به پایان رسید و حالا زمان بارگیری و خروج کالا از گمرک است.

ترخیص کالای واردات قطعی شامل مراحل زیر است:

• کنترل های گمرکی
• تنظیم اسناد و ورود داده
• احراز هویت و اظهار کالا
• پرداخت و صدور سند ترخیص
• بارگیری و خروج کالا از گمرک
• کنترل های بعد از خروج کالا