هزینه های گمرکی شامل مبالغی است که در فرآیند عملیات گمرکی اخذ می گردد. هزینه های گمرکی را می توان هزینه انبارداری، باربری،  صفافی، تخلیه، تعرفه آزمایشگاه، بارگیری، بدرقه کالا، کارشناسی کالا، و غیره... را نام برد که از صاحب کالا در هنگام ترخیص کالا دریافت می گردد، بعضی از موارد ذکر شده در اظهارنامه گمرکی که قابل محاسبه می باشد و در سایر موارد به موجب قیض درامد درآمد محاسبه و دریافت می گردد.

هزینه های گمرکی ذکر شده به صورت مجزا از حقوق ورودی وصول می گردد. حقوق ورود کالا جهت ترخیص کالا 4% ارزش گمرکی که به اضافه سود بازرگانی است که سازمان گمرک ایران مسئولیت وصول آن را به عهده دارد و جهت رویه واردات قطعی کالا وصول می نماید.

نحوه محاسبات هزینه های گمرکی

• هزینه های که می‌بایستی در گمرک پرداخت گردد:
  حقوق گمرکی (ارزش پروفرما*نرخ ارز *درصد تعرفه کالا)
• هزینه هایی که می بایستی خارج ازگمرک پرداخت گردد
• هزینه هایی که قبل از گمرک می بایستی پرداخت گردد:
  هزینه صدور ترخیصیه به کشتیرانی
  هزینه حق توقف کالا در انبار تا وقت صدورترخیصیه
  سپرده گذاری وثیقه کانتینر (درصورتی که بار درکانتینر باشد)
• هزینه هایی که در همراه با گمرک می بایستی پرداخت گردد:
  هزینه های کوچک ازقبیل: قبض انبار الکترونیکی، پرینت اظهارنامه، لاک و مهر و که مجموعا کمتر از 1/000/000 ریال می‌باشد.
  هزینه آزمایشگاه (درصورتیکه کالا اجبار به آزمایشگاه داشته باشد)
  هزینه استاندارد به مقیاس هشت در هزار (بر اساس پروفورما، هر 1000 یورو، معادل 8 یورو به قیمت نرخ رسمی یورو.
  هزینه انبارداری و صدرو بیجک که بر اساس جدول شرکت های انبارهای عمومی
• هزینه هایی که همزمان با ترخیص کالا دریافت می شود:
  هزینه های مربوط ثبت سفارش کالا، ازجمله به فیش ثبت سفارش بازرگانی که معادل پنج در هزار مبلغ پروفرما است.
  هزینه مربوط به مالیات کارت بازرگانی(اگر بنام شخص ثالث وارد گردد.
  هزینه های مربوط به دستمزد ترخیص کالا.

نرخ بیمه و ترخیص کالا متفاوت و به موارد زیر بستگی دارد:

• نوع خطر
• فاصله بین مبدا تا مقصد
• نوع کالا و آسیب پذیر بودن آن
• نوع وسیله حمل کالا