از دیدگاه صاحب نظران و متخصصین مختلف حوزه حمل ونقل دریایی، چالش های متفاوتی در این حوزه درسطح جهانی موجود است که از میان آنها می توان فهرست زیر را به عنوان مهم ترین موارد برشمرد:
- جهانی شدن و تغییر شکل اقتصاد جهانی و گسترش بازار رقابت بین المللی
- رکود اقتصادی به وجود آمده در جهان
- چالش مسائل محیط زیست دریایی
- چالش کمبود نیروی انسانی متخصص حوزه دریایی در سطح جهان
- چالش امنیت و ایمنی دریانوردی
- نحوه رسیدن به جایگاه قدرت اول منطقه در بخش حمل و نقل دریایی
- چگونگی مقابله با تحریم های اقتصادی و محدودیت های عملیاتی بین المللی
- نحوه جبران عقب ماندگی های انباشته در حوزه لجستیک پس کرانه
- بهره وری پایین در عملیات بندری خصوصاً در بخش تخلیه و بارگیری کشتی ها
- عدم تناسب میان تکالیف و اهداف برنامه های توسعه با توجه به امکانات و منابع در اختیار
- نحوه تامین کسری منابع مالی اجرای طرح ها و پروژه های سرمایه ای
- نوع و چگونگی حضور بخش خصوصی در صنعت حمل و نقل دریایی و نحوه تعامل آن با بخش دولتی
- با توجه به اینکه بیش از 90 درصد تجارت از طریق دریاست، چگونگی تضمین توسعه مستمر تجارت
- مسائل روز افزون محیط زیست دریایی و نحوه مقابله با آنها
- تبعات بحران اقتصادی جهان و به وجود آمدن ظرفیت خالی قابل توجه در صنعت کشتیرانی کشور
- توسعه کند بنادر خشک
- ضوابط دست و پاگیر گمرکی و تشریفات بوروکراتیک موجود بر سر راه کالاهای وارداتی، صادراتی و ترانزیتی
- کمبود نیروی انسانی متخصص در حوزه حمل و نقل دریایی کشور
- عدم هماهنگی کافی بین ارگانهای دریایی کشور
- حوادث و سوانح ناشی افزایش تردد کشتی‌ها
- عدم انعطاف پذیری قوانین و مقررات حاکم بر بخش جهت رقابت با بنادر منطقه
- کمبود امکانات، عدم همگامی پیشرفت تکنولوژی موجود در بنادر با تکنولوژی نسل جدید
- توسعه تجهیزات سخت افزاری و به کارگیری نرم افزارهای تخصصی و پیشرفته
- به روز نبودن نقشه های دریایی کشور از نقطه نظر هیدروگرافی
- فراگیر نبودن سیستم های مناسب حمل و نقل پشتیبانی ریلی، هوایی، جاده ای
- فاصله بین بنادر اصلی و مراکز صنعتی مهم
- عدم وجود مراکز مجهز نگهداری و توزیع کالا در مناطق پشتیبانی بنادر
- نحوه جذب سرمایه گذاری خارجی در بنادر کشور
- کمبود شدید کارگاه های ساخت و تجهیز شناور
- ظرفیت پایین کارخانجات کشتی سازی داخلی
- مشکل جدید بیمه کشتی های تجاری کشور خصوصاً تانکرها
- وجود قوانین و مقررات داخلی قدیمی و روش های اجرایی ناهماهنگ و زمان بر اداری
- نحوه مواجهه با مسئله دزدان دریایی
- کاهش تمایل نیروی انسانی متخصص برای اشتغال در صنعت دریانوردی
- عدم سرمایه گذاری مناسب بر مقوله با اهمیت سوخت رسانی به شناورهای کل منطقه
