پس از انقلاب اسلامی ایران، خطوط حمل و نقل آریا به خطوط حمل و نقل جمهوری اسلامی ایران در سال 1979
تغییر یافت. بسیاری از کشتی‌های این شرکت در طول جنگ تحمیلی ایران- عراق از بین رفتند.این خطوط حمل و نقل، کشتی‌های خطوط حمل و نقل جمهوری اسلامی ایران با نام شهدا و شهرهای این جنگ نامگذاری شدند. این خطوط با 7000 کارمند، مشمول حمل و نقل کالای فله‌ای خشک و کانتینری می‌باشد.

خطوط حمل و نقل خزر در حوزه دریای خزر که خدمات حمل و نقل دریایی از بندر انزلی، نوشهر و امیرآباد به
بنادر آکتائو، آستراخان، مخاچ قلعه، ترکمن باشی و باکو را ارائه می‌دهد. شرکت حمل و نقل والفجر که خدمات
حمل و نقل کالا و مسافر بین کشورهای حاشیه خلیج فارس و دریای عمان را فراهم میاورد و بیش از 110 دفتر
نمایندگی دارد، از شرکتهای تابعه خطوط حمل و نقل جمهوری اسلامی ایران به شمار میایند. تا پیش از سال
2012 شرکت حمل و نقل ایران و هند توسط خطوط حمل و نقل جمهوری اسلامی ایران راه اندازی گشت، این
خطوط حمل و نقل با شرکت حمل و نقل هند به صورت مشترک سرمایه گذاری کرده بودند.

این شرکت دارای 8 کشتی اقیانوس پیما بود که حمل ونقل نفت خام و کالاهای فله و عمومی را بر عهده داشت
البته عملیات‌های این شرکت به موجب فشارهای ناشی از تحریم‌ها غرب متوقف گردید و در آوریل 2013 کشتی ها و بدهی های این شرکت بر عهده شرکت حمل ونقل هند قرار گرفت.