تاریخچه بندر مومباسا به قرن های گذشته زمانی که مردم برای حمل و نقل از کشتی یک دکلی عربی در بندر قدیمی واقع در شمال جزیره مومباسا استفاده می کردند، بر می گردد. بندر قدیمی مومباسا که در حوالی موزه فورت جیزس واقع شده، توسط کشتیران و دریانورد پرتقالی به نام واسکو داگاما ساخته شد. در قرن های 18 و 19، شرق آفریقا تحت استعمار کشورهای مختلف از جمله انگلیس و آلمان بود. در دهه 1890 این منطقه تقسیم بندی شده و تانزانیا زیر نظر آلمان و کشورهای کنیا و اوگاندا زیر نظر انگلیس بوده اند. تجارت کم کم رونق یافته و در سال 1895 مقدمات ساخت راه آهن از مومباسا به پایتخت اوگاندا یعنی کامپالا جهت بهره برداری از تجارت قهوه، چای، عاج و پوست حیوانات آغاز شد.

همزمان با گسترش روابط تجاری منطقه شرق آفریقا به وسیله راه آهن جدید، تقاضا برای بندری مجهز با کلیه امکانات و لنگرگاه وسیع و عمیق نیز افزایش یافت و در نتیجه بندر جدیدی ساخته شد. تجارت کانتینرهای بندر مومباسا از لحاظ رشد سریعترین بوده که حدود 70 درصد از محموله های این بندر به صورت کانتینر می باشد. این مساله موجب گردیده سالیانه ترافیک این بندر 12 درصد رشد داشته باشد.

بندر مومباسا در واقع بندر اصلی کنیا است. بندرگاه کیلیندینی و بندر ریتز واقع در قسمت شرق جزیره مومباسا و بندر قدیمی و همچنین بندر تودر در شمال این جزیره واقع شده از جمله بنادر این شهر می باشند. کلیندینی بندر عمیقی و بسیار مناسبی برای پهلو گرفتن کشتی های بزرگ است به همین دلیل اکثر فعالیت های کشتیرانی در این محل انجام می شود. این بندر 16 لنگرگاه عمیق، 2 ترمینال نفت به علاوه لنگرگاه های شناور برای کشتیهای عازم دریا را دارا می باشد. بندر مومباسا نه تنها برای کنیا بلکه برای کشورهای اوگاندا، رواندا، بروندی، کنگو (DRC) و جنوب سودان به عنوان دروازه اصلی ورود کالا به شرق آفریقا بشمار می آید.

این بندر توسط مسولان بنادر کنیا که تقریبا نیمه دولتی است، مدیریت می شود. مسولان بنادر کنیا« KPA» همچنین دیگر بنادر کوچک از جمله کیونگا، لامو، مالیندی، کیلیفی، متواپا، فونزی، شیمونی، و وانگا را مدیریت می کنند.

بندر مومباسا دارای اهداف چندگانه بوده و قابلیت ارائه خدمات به مسافران، انواع محموله از جمله کانتینرها، کلیه کالاهای جامد و مایع را دارا می باشد.