با معاینه فیزیکی کالا، کالای اظهار شده با کالای موجود در گمرک تطبیق داده می‌شود که برای این منظور، بر اساس مدیریت خطر از روش سه مسیره در گمرک استفاده می‌شود و پس از تخصیص شماره ثبت (کوتاژ) تعیین مسیر همزمان با تعیین ارزیاب به عمل می‌آید. این تعیین مسیر بدون دخالت نیروی انسانی، توسط رایانه و به صورت خودکار انجام می‌گیرد.

این مسیرها به شرح زیر می‌باشند:
 مسیر سبز:
به این معنا که هیچ ارزیابی فیزیکی لازم ندارد، بنابراین اظهارنامه از دایره به اصطلاح (تشخیص هویت و دریافت اسناد) به کارشناس مسیر سبز مستقر در دایره ارزیابی تحویل می‌شود. کارشناس در این مقطع یکبار دیگر نگاهی به اسناد و اظهارنامه دارد، تا اطمینان یابد که کم و کسری وجود نداشته، بنابراین مندرجات اظهارنامه به اختصار از لحاظ حقوق ورودی، و سایر نکات بررسی می‌شود.

این نوع کالاها نیازی به آزمایشگاه و استاندارد، کسب مجوز ندارد و نظر کشور ساخت و اسناد ارائه شده نیز مشکلی ندارد. ارزش و تعرفه اظهاری سند، با ارزش و تعرفه استنباطی گمرک نیز مطابقت دارد. اغلب کارت بازرگانی شرکت‌های تولیدی در این مسیر قرار می‌گیرند.

مسیر زرد:
اگر اظهارنامه‌ای در مسیر زرد قرار بگیرد، از همان بخش تشخیص هویت و دریافت اسناد به کارشناس مربوطه تحویل می‌شود. در این مرحله تک تک اسناد به دقت بررسی و با اظهارنامه مطابقت داده می‌شود تا از لحاظ طبقه بندی، ارزش گذاری، میزان حقوق ورودی متعلق به کالا، در صورت اعمال ترجیحات ملاحظه مستندات که با فراخواندن اظهارنامه از رایانه صورت می‌گیرد، اطمینان حاصل شود.

اظهارنامه‌هایی که در این مسیر قرار می‌گیرند نیازی به ارزیابی فیزیکی ندارند و فقط اسناد آنها به دقت بررسی می‌شوند. معمولا کالاهایی که نیاز به مجوزهای ورود خاص مانند مجوز سازمان استاندارد و یا وزارت بهداشت دارند، در این مسیر قرار می‌گیرند. در این مسیر ارزیابی معمولا چند روز زمان لازم دارد و در سیستم آن تاخیر زمانی بر حسب روز است.

 مسیر قرمز:
با قرار گرفتن در این مسیر انجام کلیه تشریفات اسنادی و معاینه کالا الزامی است، بدین معنا که ارزیابی به طور تفصیلی از رسیدگی به اسناد پیوست، تطبیق اسناد با اظهارنامه، گرفته تا معاینه کالا، پس از باز کردن یک تا چند بسته، یا همه بسته‌ها حسب مورد، اطمینان از کد 8 رقمی کالا، با توجه به اصول و قواعد طبقه بندی، ارسال به دایره ارزش به منظور تعیین ارزش و همچنین ارسال به آزمایشگاه در مواردی که تشخیص نوع کالا برای طبقه بندی و اطمینان از درستی کد 8 رقمی که اظهار گردیده است، لازم است.